Creat al 1978 pel botànic Lluís Polo, és el principal repositori de la flora terrestre de les comarques gironines i ocupa el tercer lloc en el rànquing d'herbaris europeus quant a nombre de exemplars mediterranis d'algues.

Els exemplars que conté han estat recollits principalment per investigadors de la Universitat de Girona, però també compta amb donacions aportades per altres investigadors i amb exemplars provinents d'intercanvis amb altres herbaris. Tot plegat el configura com a punt de referència de la biodiversitat vegetal de les comarques de Girona (en medi terrestre) i de la Mediterrània occidental (en medi marí).

En els últims anys l'Herbari físic s’ha complementat amb la digitalització de molts plecs amb l'objectiu de facilitar la consulta remota i minimitzar el trasllat dels plecs més vulnerables amb el risc de pèrdua o deteriorament que representa.